• La Sala de lo Contencioso-Administrativo anula decisiones de la Audiencia Nacional que cuestionaban la validez de los informes del Ministerio

El Tribunal Supremo ha establecido que los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación (MCIN) tienen carácter vinculante para la Agencia Tributaria (AEAT) en relación con las deducciones fiscales por innovación tecnológica. La sentencia anula varias resoluciones previas de la Audiencia Nacional, que respaldaban los informes internos de la AEAT, conocidos como Equipo de Apoyo Informático (EAI), por contradecir los dictámenes del MCIN, a pesar de su naturaleza vinculante.

El caso se refiere a la interpretación del artículo 35.4 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) de 2004, vigente hasta 2014. Esta normativa permite a las empresas solicitar un informe al MCIN para justificar deducciones fiscales por actividades de innovación tecnológica, otorgando carácter vinculante a dicho informe en todos sus aspectos, incluidos los gastos e inversiones presentados. 

El Supremo considera que la AEAT no puede ignorar o contradecir estos informes vinculantes mediante evaluaciones internas. En su fallo, la corte señala que la propia administración no puede sostener posturas contradictorias sobre la misma actividad, calificando una inversión como innovación tecnológica y no al mismo tiempo, o cuestionando deducciones que ya han sido validadas por el MCIN.

Además, el Tribunal Supremo concluye que los informes del EAI carecen del peso probatorio necesario, ya que no se trata de un órgano independiente ni sus funcionarios poseen la autonomía o imparcialidad necesarias para contradecir un dictamen especializado de un Ministerio competente en la materia. El tribunal resalta que dichos informes internos no pueden prevalecer sobre el informe técnico y especializado del MCIN.

Con este fallo, el Tribunal Supremo revoca las liquidaciones impugnadas que negaban la deducción fiscal, reconociendo el derecho de las empresas a aplicar dichas deducciones en sus autoliquidaciones por actividades de innovación tecnológica.

Este pronunciamiento supone un refuerzo a la seguridad jurídica de las empresas que invierten en innovación tecnológica, asegurando que los informes del MCIN, emitidos según la ley, sean respetados y acatados por la Administración tributaria sin cuestionamientos internos.